三大始祖とは、現在のサラブレッドの直系父系祖先を可能な限り遡った場合に辿り着く「バイアリー・ターク(Byerley Turk)」、「ダーレー・アラビアン(Darley Arabian)」、「ゴドルフィン・アラビアン(Godolphin Arabian)」の3頭の種牡馬のことです。
現存のサラブレッドの血統を父の父、そのまた父…というふうに遡っていくと、必ず3頭の種牡馬に辿り着くため、この3頭を「三大始祖」と称しています。
三大始祖が生存していた時代には、「サラブレッド」の概念は成立しておらず、後に「サラブレッド」として品種が確立された馬の父系先祖を辿った場合に、個体の記録が公式に残っているものとして行きつく最古の馬、ということです。
サラブレッドは複数の品種を用いた品種改良の結果誕生した品種のことですが、三大始祖はこの品種改良に用いられた多数の馬のうちの3頭に過ぎないため、三大始祖それぞれはサラブレッド品種ではありません。
例外もありますが原則的に両親ともサラブレッドでなければその仔もサラブレッドとして登録出来ないため、今後も三大始祖以外を父系祖先とするサラブレッドは生まれて来ることはありません。